MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Caldicellulosiruptor kristjanssonii 177R1B plasmid pCALKR01

Total Repeats: 255

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014719	AAG	2	6	154	159	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281361
2	NC_014719	AGA	2	6	171	176	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281361
3	NC_014719	AAG	2	6	177	182	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281361
4	NC_014719	AACT	2	8	185	192	50 %	25 %	0 %	25 %	312281361
5	NC_014719	TTA	2	6	267	272	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281361
6	NC_014719	AAAT	2	8	363	370	75 %	25 %	0 %	0 %	312281361
7	NC_014719	AAG	2	6	406	411	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281361
8	NC_014719	AGA	2	6	431	436	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281361
9	NC_014719	GGTAA	2	10	460	469	40 %	20 %	40 %	0 %	312281361
10	NC_014719	AAG	2	6	487	492	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281361
11	NC_014719	ACA	2	6	497	502	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312281361
12	NC_014719	GTA	2	6	523	528	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281361
13	NC_014719	GAT	2	6	624	629	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281361
14	NC_014719	AGA	2	6	639	644	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281361
15	NC_014719	AAG	2	6	665	670	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281361
16	NC_014719	TGC	2	6	761	766	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312281361
17	NC_014719	ATC	2	6	799	804	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281361
18	NC_014719	GA	3	6	822	827	50 %	0 %	50 %	0 %	312281361
19	NC_014719	TAA	2	6	833	838	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281361
20	NC_014719	TTAGCG	2	12	877	888	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	312281361
21	NC_014719	ATA	2	6	901	906	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281361
22	NC_014719	GGTA	2	8	936	943	25 %	25 %	50 %	0 %	312281361
23	NC_014719	GTG	2	6	991	996	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312281361
24	NC_014719	GGT	2	6	1014	1019	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312281361
25	NC_014719	AAG	2	6	1026	1031	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281361
26	NC_014719	GAC	3	9	1081	1089	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312281361
27	NC_014719	GTT	2	6	1101	1106	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281361
28	NC_014719	CAG	2	6	1177	1182	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312281362
29	NC_014719	T	9	9	1328	1336	0 %	100 %	0 %	0 %	312281362
30	NC_014719	CAA	2	6	1401	1406	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312281362
31	NC_014719	A	6	6	1412	1417	100 %	0 %	0 %	0 %	312281362
32	NC_014719	TGT	2	6	1423	1428	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281362
33	NC_014719	TAG	2	6	1458	1463	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281362
34	NC_014719	ATC	2	6	1781	1786	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281363
35	NC_014719	TGCT	2	8	1808	1815	0 %	50 %	25 %	25 %	312281363
36	NC_014719	TGA	2	6	1915	1920	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281363
37	NC_014719	GCT	2	6	1970	1975	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312281363
38	NC_014719	ATC	3	9	2055	2063	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281363
39	NC_014719	CT	3	6	2151	2156	0 %	50 %	0 %	50 %	312281363
40	NC_014719	CAG	2	6	2202	2207	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312281363
41	NC_014719	CAC	2	6	2238	2243	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312281363
42	NC_014719	T	6	6	2267	2272	0 %	100 %	0 %	0 %	312281363
43	NC_014719	CTG	2	6	2292	2297	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312281363
44	NC_014719	TTGG	2	8	2318	2325	0 %	50 %	50 %	0 %	312281363
45	NC_014719	GAA	2	6	2737	2742	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281364
46	NC_014719	AAAAG	2	10	2749	2758	80 %	0 %	20 %	0 %	312281364
47	NC_014719	A	6	6	2849	2854	100 %	0 %	0 %	0 %	312281364
48	NC_014719	TTG	2	6	2915	2920	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281365
49	NC_014719	ATA	2	6	2921	2926	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281365
50	NC_014719	AAGA	2	8	3053	3060	75 %	0 %	25 %	0 %	312281365
51	NC_014719	AGAAAA	2	12	3061	3072	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	312281365
52	NC_014719	ATATT	2	10	3087	3096	40 %	60 %	0 %	0 %	312281365
53	NC_014719	TAC	2	6	3149	3154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281365
54	NC_014719	TTTG	2	8	3157	3164	0 %	75 %	25 %	0 %	312281365
55	NC_014719	GATG	2	8	3193	3200	25 %	25 %	50 %	0 %	312281365
56	NC_014719	GAA	2	6	3203	3208	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281365
57	NC_014719	GAA	2	6	3254	3259	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281365
58	NC_014719	AAG	2	6	3312	3317	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281365
59	NC_014719	GAA	2	6	3325	3330	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281365
60	NC_014719	A	7	7	3391	3397	100 %	0 %	0 %	0 %	312281365
61	NC_014719	TA	3	6	3398	3403	50 %	50 %	0 %	0 %	312281365
62	NC_014719	TGA	2	6	3504	3509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281365
63	NC_014719	A	6	6	3547	3552	100 %	0 %	0 %	0 %	312281365
64	NC_014719	ATTT	2	8	4163	4170	25 %	75 %	0 %	0 %	312281366
65	NC_014719	AAG	2	6	4172	4177	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281366
66	NC_014719	GAAAA	2	10	4191	4200	80 %	0 %	20 %	0 %	312281366
67	NC_014719	TAA	2	6	4220	4225	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281366
68	NC_014719	TGT	2	6	4230	4235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281366
69	NC_014719	TAA	2	6	4347	4352	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281367
70	NC_014719	T	6	6	4391	4396	0 %	100 %	0 %	0 %	312281367
71	NC_014719	CTA	2	6	4446	4451	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281367
72	NC_014719	TCT	2	6	4497	4502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281367
73	NC_014719	CCA	2	6	4567	4572	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312281367
74	NC_014719	TAA	2	6	4643	4648	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281367
75	NC_014719	TTG	2	6	4655	4660	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281367
76	NC_014719	T	7	7	4706	4712	0 %	100 %	0 %	0 %	312281367
77	NC_014719	TCA	2	6	4783	4788	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281367
78	NC_014719	GAA	2	6	4797	4802	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281367
79	NC_014719	TGAA	2	8	4812	4819	50 %	25 %	25 %	0 %	312281367
80	NC_014719	TGT	2	6	4842	4847	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281367
81	NC_014719	GGT	2	6	4850	4855	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312281367
82	NC_014719	TTGT	2	8	4896	4903	0 %	75 %	25 %	0 %	312281367
83	NC_014719	GTTT	2	8	4924	4931	0 %	75 %	25 %	0 %	312281367
84	NC_014719	CCA	2	6	4937	4942	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312281367
85	NC_014719	AGA	2	6	4950	4955	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281367
86	NC_014719	AGT	2	6	5117	5122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281368
87	NC_014719	GTTT	2	8	5125	5132	0 %	75 %	25 %	0 %	312281368
88	NC_014719	TGG	2	6	5141	5146	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312281368
89	NC_014719	TTG	2	6	5251	5256	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281368
90	NC_014719	AAT	2	6	5283	5288	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281368
91	NC_014719	CAG	2	6	5311	5316	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312281368
92	NC_014719	AG	3	6	5353	5358	50 %	0 %	50 %	0 %	312281368
93	NC_014719	ATT	2	6	5427	5432	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281368
94	NC_014719	A	6	6	5447	5452	100 %	0 %	0 %	0 %	312281368
95	NC_014719	AAC	2	6	5466	5471	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312281368
96	NC_014719	TA	3	6	5586	5591	50 %	50 %	0 %	0 %	312281368
97	NC_014719	T	6	6	5597	5602	0 %	100 %	0 %	0 %	312281368
98	NC_014719	ATT	2	6	5670	5675	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281368
99	NC_014719	A	6	6	5688	5693	100 %	0 %	0 %	0 %	312281368
100	NC_014719	TAC	2	6	5706	5711	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281368
101	NC_014719	TAT	2	6	5724	5729	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281368
102	NC_014719	CAAA	2	8	5738	5745	75 %	0 %	0 %	25 %	312281368
103	NC_014719	TA	3	6	5783	5788	50 %	50 %	0 %	0 %	312281368
104	NC_014719	A	6	6	5795	5800	100 %	0 %	0 %	0 %	312281368
105	NC_014719	AAG	2	6	5802	5807	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281368
106	NC_014719	GGT	2	6	5844	5849	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312281368
107	NC_014719	TAC	2	6	5914	5919	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281368
108	NC_014719	AGA	2	6	5930	5935	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281368
109	NC_014719	TAC	2	6	5941	5946	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281368
110	NC_014719	CTTGT	2	10	6040	6049	0 %	60 %	20 %	20 %	312281368
111	NC_014719	TAA	2	6	6110	6115	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281369
112	NC_014719	CTT	2	6	6167	6172	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281369
113	NC_014719	CTT	2	6	6233	6238	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281369
114	NC_014719	TTA	2	6	6332	6337	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281369
115	NC_014719	GAA	2	6	6384	6389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312281369
116	NC_014719	T	8	8	6400	6407	0 %	100 %	0 %	0 %	312281369
117	NC_014719	TCC	2	6	6456	6461	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	312281369
118	NC_014719	TCT	2	6	6507	6512	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281369
119	NC_014719	ATT	2	6	6559	6564	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281369
120	NC_014719	TCAA	2	8	6595	6602	50 %	25 %	0 %	25 %	312281369
121	NC_014719	ATT	2	6	6619	6624	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281369
122	NC_014719	TCA	2	6	6674	6679	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312281369
123	NC_014719	AT	3	6	6703	6708	50 %	50 %	0 %	0 %	312281369
124	NC_014719	CTT	2	6	6745	6750	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281369
125	NC_014719	T	7	7	6749	6755	0 %	100 %	0 %	0 %	312281369
126	NC_014719	T	6	6	6760	6765	0 %	100 %	0 %	0 %	312281369
127	NC_014719	TCT	2	6	6769	6774	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312281369
128	NC_014719	AAT	3	9	6801	6809	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281369
129	NC_014719	TTTTCT	2	12	6814	6825	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	312281369
130	NC_014719	ACA	2	6	6829	6834	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312281369
131	NC_014719	ATT	2	6	6849	6854	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281369
132	NC_014719	CTG	2	6	6875	6880	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312281369
133	NC_014719	TA	3	6	6912	6917	50 %	50 %	0 %	0 %	312281369
134	NC_014719	TTA	2	6	6973	6978	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312281369
135	NC_014719	T	6	6	6989	6994	0 %	100 %	0 %	0 %	312281369
136	NC_014719	CTGTA	2	10	7034	7043	20 %	40 %	20 %	20 %	312281369
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138	NC_014719	AT	3	6	7104	7109	50 %	50 %	0 %	0 %	312281369
139	NC_014719	AT	4	8	7193	7200	50 %	50 %	0 %	0 %	312281369
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145	NC_014719	TTG	2	6	7438	7443	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312281370
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249	NC_014719	ACC	2	6	14983	14988	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312281377
250	NC_014719	AG	3	6	15024	15029	50 %	0 %	50 %	0 %	312281377
251	NC_014719	A	6	6	15057	15062	100 %	0 %	0 %	0 %	312281377
252	NC_014719	GAC	2	6	15200	15205	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312281377
253	NC_014719	GTA	2	6	15263	15268	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312281377
254	NC_014719	AAT	2	6	15271	15276	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312281377
255	NC_014719	AGTA	3	12	15319	15330	50 %	25 %	25 %	0 %	312281377

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.